石垣島と西表島に生息する。水田にある小川から山中の渓谷まで幅広く生息する。下流域では、アカナガイトトンボ、中上流域では、クロイワカワトンボ、チビカワトンボなどと混生することがある。朝7時ごろには、もう♂が川で見られ、日の当たる流れの緩い石が顔を出しているような人気のところでは、小競り合いが絶えない。(写真上から4番目)、昼前後2時間ぐらいに交尾が行われるが、午後に多い。ふきんの小枝、岩などに止まり数分行われる。産卵は、１回しか確認していないが、このケースは、♀が単独で飛来し、すぐそばにいた♂なにも興味を示さなかった。水をせき止めてあった板の裏側ですごい水圧の中14:43から1時間33分もの間場所を移動しながら産卵を続けた。川での♂たちの喧噪も、3時頃には静まり、たたずんでいるが、午後5時前にはコナカハグロトンボの姿は、川から見られなくなる。